Endodoncja to tzw. leczenie kanałowe, która polega na leczeniu chorób miazgi zęba oraz tkanek okołowierzchołkowych zęba. To leczenie szczególnie polecane jest przy bardzo dużych ubytkach próchniczych, martwicach miazgi, złamaniu zęba, a w protetyce – przed założeniem korony bądź mostu. Leczenie endodontyczne charakteryzuje się bardzo dokładnym oczyszczaniem kanałów zębowych za pomocą wyspecjalizowanych narzędzi rotacyjnych i ultradźwiękowych. Udrożnione i oczyszczone kanały są ostatecznie wypełniane specjalistycznymi materiałami. Dodatkowo przy leczeniu kanałowym używana jest diagnostyka RTG. Leczenie endodontyczne wymaga tak ogromnej precyzji i jednocześnie szczegółowego rozpoznania, że w większości przypadków leczenie jest niemożliwe bez wykorzystania profesjonalnego sprzętu. Mikroskop daje możliwość dostrzeżenia nawet najmniejszych szczegółów, co przekłada się na precyzję wykonania leczenia i brak konieczności powtarzania zabiegu. Kanały zęba to bardzo skomplikowana mikrostruktura, dlatego też przeoczenie choćby jednego kanału może rzutować na niepowodzenie wykonania, zwykle trudnego, czasochłonnego zabiegu. Zaznaczyć należy, iż leczenie endodontyczne można przeprowadzać zarówno u dzieci jak i u dorosłych oraz u osób starszych.